De Flora en Fauna Wet. De belangrijkste wet die de inheemse planten en dieren beschermt is de Flora en Fauna Wet. Op grond van deze wet worden alle in Nederland voorkomende vogels beschermd (met uitzondering van o.a. de duif en de eend) en alle soorten amfibieën en reptielen. Ook alle zoogdieren zijn beschermd (met uitzondering van soorten zoals de rat en de huismuis).

Bij wet is het verboden om dieren te doden of hun rust- of verblijfplaats te verstoren. Iedere burger heeft een zorgplicht voor de bescherming van de flora en fauna. Sinds 2005 is er een algemene maatregel van bestuur van kracht, waardoor er niet meer altijd ontheffing hoeft te worden gevraagd voor werkzaamheden in het veld.
Er worden drie categorieën onderscheiden:

Categorie 1: Voor planten en dieren die in de eerste categorie van bescherming vallen is geen ontheffing meer nodig voor werkzaamheden die beheer of onderhoud bedoelen. Het blijft voorwaarde dat de werkzaamheden geen afbreuk doen aan de gunstige staat van instandhouding van de soort.

Categorie 2: De categorie twee en drie soorten zijn zwaarder beschermd. Er mag er beheerswerk gedaan mag worden op basis van een gedragscode.

Categorie 3:   Er wordt nooit vrijstelling van het aanvragen van ontheffing verleend. Ontheffing wordt alleen verleend als het gaat om ingrepen van groot maatschappelijk belang- bij de wet is beschreven wat daarmee bedoeld wordt, zoals onderzoek of volksgezondheid of dwingende redenen van openbaar belang, waarvoor geen alternatieve locaties bestaan en waarbij compensatie van verloren gaand leefgebied mogelijk is. Altijd geldt dat het duurzaam voortbestaan van de soort niet in gevaar mag komen.